Egy nap feltűntek a szimplán csak "mélységinek" nevezett különös faj vagy micsoda, és kiszorították az emberiséget a tengerekről. Ám nem hagyjuk magunkat, és a néhai csatahajók lelkével bíró lányokat állítjuk csatasorba ellenük. A recept ugyanaz lényegében, mint a Strike Witches-nél csak hadihajókkal...